Dashboard coronavirus

Op 17 oktober 2020 is sprake van 233 nameldingen van GGD Noord-Holland Noord.

Vanwege een eerdere technische storing bij het RIVM ontbreekt een aantal meldingen in de rapportage van 1 september. Deze meldingen zijn opgenomen in de rapportage van 2 september. Hierdoor is het aantal nieuwe positief geteste personen gemeld op 2 september (734) bijna 300 meldingen hoger dan op 1 september (462).

Deze gegevens worden dagelijks aangeleverd als open data door Stichting NICE. De brondata heeft betrekking op de afgelopen 24 uur. De berekening van de intensive care-bezetting bestaat uit COVID-19-patiënten met een bewezen besmetting.

Uit de data van het bronbestand wordt het gemiddelde berekend van de afgelopen drie dagen, dus exclusief vandaag. Door de waarden van elke dag (gisteren, eergisteren en de dag daarvoor) bijeen te tellen, te delen door drie en de uitkomst hiervan af te ronden naar één cijfer achter de komma komen we tot het gemiddelde.

De bezetting van IC-bedden wordt dagelijks verkregen via de website van het LCPS. Daarin staan zowel het aantal IC-bedden bezet door COVID-19 patiënten, als het aantal IC-bedden bezet door overige patiënten. Het percentage IC-bedden met COVID-19 patiënten wordt berekend door het aantal IC-bedden bezet met COVID-19 patiënten, te delen door het totaal aantal bezette IC-bedden.

Deze gegevens worden dagelijks aangeleverd als open data bestand door Stichting Nationale Intensive Care Evaluatie (NICE), een samenwerkingsverband van intensivecareafdelingen van Nederlandse ziekenhuizen. Dit bestand wordt continu bijgewerkt en elke middag éénmaal door het dashboard overgenomen. Aan de hand van de data wordt het gemiddelde berekend van de afgelopen drie dagen (gisteren, eergisteren en de dag daarvoor). Let op dat hierbij dus niet ziekenhuisopnames van de lopende dag (vandaag) worden meegenomen. Dit omdat die dag nog niet verstreken is en daardoor de registratie van vandaag nog zeer onvolledig zal zijn. Hoewel ziekenhuizen proberen om COVID-19 patiënten snel te registreren, is het aannemelijk dat de registratie achter loopt. Om deze reden zijn de aantallen van de afgelopen dagen meestal ook nog onvolledig. Deze gegevens worden op het dashboard daarom elke dag ververst.

Voorheen gebruikte het dashboard een open data bestand van het RIVM voor ziekenhuisopnames. Deze is gebaseerd op de Osiris database. Echter is hier sprake van aanzienlijke onderrapportage. Het bestand van NICE is completer, maar hanteert ook een ruimere definitie van ziekenhuisopname. Het RIVM rapport neemt alleen de patiënten mee die vanwege COVID-19 in het ziekenhuis liggen, terwijl NICE dat onderscheid niet maakt en dus ook ziekenhuisopnames van patiënten met COVID-19 die om een andere reden in het ziekenhuis zijn opgenomen, meeneemt.

NICE gegevens kunnen op dit moment nog niet vertaald worden naar gegevens op veiligheidsregio en gemeenteniveau. Voor deze niveaus wordt daarom nog gebruik gemaakt van gegevens uit Osiris. Er wordt aan gewerkt om ook op deze niveaus de data van Stichting NICE te kunnen tonen.

De bezetting van ziekenhuisbedden (exclusief IC-bedden) wordt dagelijks verkregen via de website van het LCPS.

Deze gegevens worden dagelijks gepubliceerd als open databestand door het RIVM Het bestand wordt dagelijks om 10:00 online gezet en registreert het aantal positief geteste mensen die aan het RIVM gemeld zijn in de afgelopen 24 uur. De datum die gebruikt wordt, is de datum van melding. Dat is dus niet hetzelfde als de datum waarop mensen zijn getest.

Het RIVM kan met terugwerkende kracht correcties uitvoeren op eerder gepubliceerde cijfers. Deze correcties komen dan in het open databestand te staan en worden overgenomen door het dashboard.

Het databestand registreert op niveau van veiligheidsregio en gemeente. Om tot landelijke gegevens te komen tellen we alle meldingen bij elkaar op. In het aanleverbestand wordt voor sommige meldingen de gemeente en/of veiligheidsregio niet vermeld, omdat die gegevens ontbreken. Die kunnen dan niet op dat niveau worden getoond, maar wel op landelijk niveau.

We berekenen op basis van de absolute aantallen het relatieve aantal positief geteste mensen naar rato van het aantal inwoners. Dit doen we door het aantal positief geteste mensen te delen door het aantal inwoners van Nederland. We geven dit weer als het aantal positief geteste personen per 100.000 inwoners. Het aantal inwoners wordt gebaseerd op deze CBS-indeling.

De leeftijdsverdeling wordt bepaald op basis van de landelijke cijfers, omdat in het gemeentelijke bestand geen leeftijden worden geregistreerd. Er kunnen daarom kleine verschillen ontstaan tussen de tabel zoals weergegeven in de 'wekelijks update epidemiologische situatie COVID-19 in Nederland' op de website van het RIVM en zoals weergeven op het dashboard.

De signaalwaarde voor het aantal positief geteste mensen is toegevoegd. Deze bedraagt 7 op de 100.000 inwoners. Dit betekent dat vanaf deze waarde mogelijk het aantal besmettingen te hard oploopt om het virus in de hand te houden. Deze waarde wordt bijvoorbeeld ook in Duitsland gehanteerd. Een signaalwaarde functioneert als een ‘alarmbel’ om met urgentie naar de situatie te kijken. Mogelijk wordt deze waarde in de loop van de tijd verder verfijnd.

Het percentage positief geteste mensen gaat alleen over de testen die via de GGD plaatsvinden, en waarvan de testuitslag bekend is. Er worden echter ook tests uitgevoerd die niet via de GGD gaan. De gegevens over de GGD teststraten worden wekelijks door het RIVM aangeleverd bij het ministerie van VWS.

Deze gegevens worden wekelijks (op dinsdag) aangeleverd als open data door het RIVM. De waarden zoals weergeven in het bestand worden direct overgenomen op het dashboard. Het reproductiegetal is geen exacte waarde maar een betrouwbare schatting. Voor Rt schattingen minder dan twee weken geleden is de betrouwbaarheid niet groot, omdat de Rt afhangt van de tijd tussen infectie en ziek worden (incubatieperiode) en de tijd tussen ziek worden en melding (rapportagevertraging). Daarom loopt de R-lijn niet door in de laatste twee weken.

Op 11 juni is er een trendbreuk zichtbaar. Vanaf deze datum wordt de R berekend op basis van het aantal positief geteste mensen met COVID-19 en het aantal ziekenhuisopnames. Voorheen werd dit berekend op basis van alleen het aantal nieuwe ziekenhuisopnames. Bij een laag aantal nieuwe ziekenhuisopnames, is het aantal positief geteste mensen een betere basis voor deze berekening.

Deze informatie is niet beschikbaar in dit dashboard en nog niet gedeeld met het Ministerie van VWS. Deze zijn daarom niet in dit dashboard opgenomen.

De informatie over verpleeghuiszorg wordt dagelijks beschikbaar gesteld door het RIVM en aangeleverd bij het ministerie van VWS. In de aangeleverde gegevens is soms de veiligheidsregio onbekend. Dit heeft als gevolg dat het totaal van de weergegeven cijfers op veiligheidsregio niveau, minder kan zijn dan wat er op landelijk niveau wordt getoond. Het aantal overleden verpleeghuisbewoners wordt getoond op basis van de datum van overlijden. De overlijdensdatum is echter niet altijd bekend. Als dit zo is, dan zijn die gevallen niet op het dashboard zichtbaar.

De manier waarop ingeschat wordt hoeveel verpleeghuisbewoners en verpleeghuislocaties zijn besmet met corona is verbeterd. Sinds 1 juli registreren de GGD’en bij iedere melding of een nieuw besmette persoon in een verpleeghuis woont. Tot eind september 2020 werd deze informatie echter niet benut en werden de aantallen via een andere methode geschat. Dit leidde tot een flinke overschatting van het aantal besmette verpleeghuislocaties. De cijfers op het dashboard geven daardoor vanaf 29 september - met terugwerkende kracht vanaf 1 juli - een veel beter beeld van het werkelijke aantal besmette personen en verpleeghuislocaties.

Oude definitie verpleeghuisbewoner: Iemand wordt als een verpleeghuisbewoner geteld wanneer deze volgens het centrale administratiesysteem (OSIRIS): Op basis van zijn postcode gekoppeld kan worden aan een bekende verpleeghuislocatie of woonzorgcentrum voor ouderen óf een setting (plaats waar de besmetting mogelijk heeft plaatsgevonden) ‘Verpleeghuis’ of een daaraan gerelateerde term heeft óf aan de hand van een andere term in het systeem in verband gebracht kan worden aan een verpleeghuis of woonzorgcentrum voor ouderen. Daarnaast moet de persoon

• ouder zijn dan 70 jaar én
• geen gezondheidsmedewerker zijn én
• geen beroep hebben.

Nieuwe definitie verpleeghuisbewoner: Sinds 1 juli vraagt de GGD voor iedere nieuw positief geteste persoon of dit een verpleeghuisbewoner of een bewoner van een woonzorgcentrum voor ouderen is. Deze informatie wordt gebruikt voor de nieuwe definitie. Iemand wordt als een verpleeghuisbewoner aangemerkt wanneer deze volgens de gegevens van OSIRIS

• Een bewoner is van een verpleeghuis of van een woonzorgcentrum voor ouderen.
• Indien het onbekend is of een persoon in een verpleeghuis of een woonzorgcentrum voor ouderen woont, wordt de oude definitie gebruikt.

Het totaal aantal verpleeghuislocaties per veiligheidsregio is door het RIVM aangeleverd. Eventuele verpleeghuizen met dezelfde postcode worden hierbij gerekend tot één verpleeghuislocatie. Dit is gedaan omdat het aantal besmette locaties ook met dezelfde logica wordt bepaald. Het totaal aantal verpleeghuislocaties per veiligheidsregio is nodig om het percentage besmette verpleeghuislocaties te berekenen. Voor het landelijke totaal aantal verpleeghuislocaties, worden de totalen van alle veiligheidsregio's bij elkaar opgeteld.

Deze gegevens worden wekelijks (op dinsdag) aangeleverd als open data door het RIVM. De waarden zoals weergeven in het bestand worden direct overgenomen op het dashboard. Daarnaast berekenen we op basis van de absolute aantallen het genormaliseerde aantal besmettelijke mensen. Dit doen we door het aantal inwoners van Nederland te delen door 100.000. Vervolgens gebruiken we het getal dat daaruit komt en delen we het absolute aantal zoals aangeven in het bronbestand. De uitkomst hiervan vormt het getal per 100.000.

Het RIVM baseert de berekening achter het aantal besmettelijke mensen op het aantal meldingen van COVID-19 per dag. Tot 30 juni was deze gebaseerd op het aantal mensen met COVID-19 dat per dag werd opgenomen op de intensive care. Omdat het aantal intensive care opnamen laag is, is het aantal COVID-19 meldingen een meer geschikte indicator om het tijdsverloop in aantal besmettelijke mensen te volgen. Het geschat aantal besmettelijke mensen wordt door het RIVM berekend op basis van het aantal besmettingen en de duur van de besmettelijke periode. De duur van de besmettelijke periode is per persoon verschillend. Deze kan variëren tussen 6 en 10 dagen. Het aantal besmettingen baseert het RIVM op het aantal COVID-19 meldingen. Ook gebruikt het RIVM een omrekenfactor om rekening te houden met het aantal besmettingen dat niet gemeld wordt. De omrekenfactor leidt het RIVM af uit de waargenomen ziekenhuisopnames met COVID 19 en uit het percentage van de mensen met antistoffen in het bloed tegen het virus dat COVID19 veroorzaakt. Het RIVM houdt er rekening mee dat een heel klein percentage van de testen een onterechte positieve uitslag kan geven.

Voor het aantal besmettelijke mensen is geen signaalwaarde beschikbaar omdat dit aantal een inschatting is gebaseerd op een berekening.

De methode om het aantal besmettelijke personen te berekenen is door het RIVM verbeterd. Voorheen werd het aantal besmettelijke personen berekend op basis van het aantal positief geteste personen. Met ingang van 13 oktober dit berekend op basis van het aantal ziekenhuisopnames en de data uit het Pienter Corona onderzoek. De nieuwe rekenmethode wordt met terugwerkende kracht toegepast. Meer informatie over berekeningen van het RIVM.

Van een representatieve steekproef van zo’n 350 huisartsenpraktijken uit heel Nederland ontvangt Nivel Zorgregistraties Eerste Lijn wekelijks gegevens over verleende zorg aan hun patiënten. Op basis hiervan berekent Nivel het aantal patiënten met een verdenking op COVID-19 in de afgelopen week. Dit doet het Nivel op basis van diagnosecodes die door de huisartsen worden aangevinkt (‘Acute infectie bovenste luchtwegen’, ‘Andere infectie(s) luchtwegen’, ‘Influenza’, ‘Pneumonie’, ‘Andere virusziekte(n)’, ’Andere infectieziekte’, ‘Koorts’, ‘Benauwdheid’, ‘Hoesten’ ) en aanvullende omschrijvingen van de huisarts die wijzen op een verdenking van COVID-19.

Om een grotere precisie te bereiken, berekent het Nivel ook de cijfers van de voorgaande weken opnieuw. Ze nemen daarbij eventueel later bekend geworden gegevens mee. Deze informatie wordt wekelijks (op donderdag) beschikbaar gesteld door Nivel Zorgregistraties Eerste Lijn en als JSON-file aangeleverd bij het ministerie van VWS. Het bronbestand rapport de aantallen per week. De weeknummers uit dit bestand worden omgezet naar de datum van de zondag van de betreffende week voor weergave op het dashboard. De waarden voor de betreffende weken uit het bestand worden daarbij direct overgenomen voor op het dashboard.

In rioolwater kun je ziekteverwekkers zoals het nieuwe coronavirus meten omdat die met ontlasting via de wc in het rioolwater komen. Dit onderzoek laat zien hoeveel virusdeeltjes in het rioolwater zitten afkomstig uit ontlasting van een deel van de besmette personen. Op elke locatie testen onderzoekers van het RIVM eens per week rioolwater dat over 24 uur verzameld is. Per week kan het aantal gemeten locaties variëren, omdat niet elke meting succesvol wordt afgerond. In het open data bestand staat per datum bij welke locaties gemeten is. Let op dat de cijfers van vóór 20 juli zijn gebaseerd op circa 28 locaties. De cijfers tussen 20 juli en 31 augustus zijn gebaseerd op circa 80 locaties. Vanaf 31 augustus wordt er gemeten op circa 300 locaties. In het huidige onderzoek kunnen trends in aantallen virusdeeltjes zoals een stijging of daling worden gezien. Meer onderzoek is nodig om conclusies aan deze trends te kunnen verbinden.De aantallen kunnen niet vergeleken worden tussen locaties. Deze duiding volgt nog.

De gegevens worden wekelijks (op dinsdag) geleverd als open data door het RIVM. Met het beschikbaar komen van meer gegevens kan het aantal virusdeeltjes nauwkeuriger bepaald worden. Het RIVM hanteert sinds 18 augustus een aangepaste rekenmethode om het aantal virusdeeltjes per milliliter te bepalen. In het open data bestand staat aangegeven of een meting representatief is of niet, in het dashboard maken we alleen gebruik van representatieve data.

In de grafiek staat op de Y-as het aantal virusdeeltjes in een milliliter rioolwater. Op de X-as staat de datum waarop het het rioolwater is verzameld. Het landelijk en regionale gemiddelde betreft een weekgemiddelde. De som van de geleverde waarden in de week, wordt gedeeld door het aantal locaties waarover meetwaarden voor die week geleverd zijn. De gerapporteerde weken lopen van maandag t/m zondag. De gemeten waarden per afzonderlijke locatie staan in de grafiek op de datum waarop de monstername van het rioolwater is gestart.

De getoonde virusdeeltjes per milliliter kunnen worden beïnvloed door een aantal extra factoren. Regenval bijvoorbeeld kan het aantal gemeten deeltjes per milliliter verlagen, doordat het rioolwater door hemelwater wordt verdund. Ook kunnen aangesloten industriegebieden ditzelfde effect hebben, omdat daar in het rioolwater meestal geen of nauwelijks menselijke ontlasting te vinden is. Tevens kan het aantal virusdeeltjes per milliliter zo laag zijn, dat het niet gemeten wordt. Dit leidt dan tot een meting met een waarde van nul deeltjes per milliliter.

Om te bepalen welke locatie tot welke veiligheidsregio behoort, wordt gekeken naar het verzorgingsgebied van de locatie. Dit is het gebied waarvoor de zuiveringsinstallatie afvalwater zuivert. Het RIVM levert per locatie aan voor hoeveel procent deze in een veiligheidsregio valt. Deze verdeling is nog niet volledig accuraat en wordt de komende tijd verder uitgewerkt. Sommige locaties hebben een verzorgingsgebied dat meerdere veiligheidsregio’s bevat. Indien dat zo is, wordt de locatie op het dashboard volledig toegewezen aan de veiligheidsregio dat het grootste deel van het verzorgingsgebied omvat. Voor het koppelen van locaties met gemeenten wordt momenteel gekeken naar de postcode van de locatie. Met gebruik van de CBS indeling gemeente voor postcode wordt vervolgens deze postcode vertaald naar een gemeente. In een paar gevallen kwam hier geen match uit. Voor die uitzonderingen is handmatig op basis van coördinaten gekeken op de kaart tot welke gemeente de locaties behoren. Let op: deze koppelingen zijn mogelijk niet volledig accuraat, want het verzorgingsgebied van een zuiveringsinstallatie hoeft niet gelijk te lopen met gemeentegrenzen. Er wordt gewerkt aan een meer nauwkeurige koppeling tussen locatie en gemeente.

"In de tegels van het dashboard wordt de term “Waarde van” gebruikt om aan te geven op wanneer de getoonde waarde betrekking heeft. De term “Verkregen op” wordt gebruikt om aan te geven wanneer de data is ontvangen. Het doel is duidelijker te maken hoe actueel de data is, met name voor indicatoren die altijd terugkijken. Reproductiegetal R bijvoorbeeld wordt één keer per week gepubliceerd door het RIVM maar de waarde voor de laatste bekende R betreft altijd een datum van twee weken geleden. We melden dan bij “Waarde van” de datum van twee weken geleden en “Verkregen op” wanneer de R-waarde voor het laatst is gepubliceerd is door het RIVM (deze week).

Dit dashboard is in korte tijd tot stand gekomen. Het is daarom nog niet gelukt om de code voor het inlezen van de data en het construeren van de JSON- bestanden open source beschikbaar te stellen. Dit zal binnen afzienbare tijd beschikbaar worden gesteld. De code van de webapplicatie is op 5 juni 2020 gepubliceerd op GitHub. De databerekeningen zijn ook beschikbaar via Github.

Oorspronkelijk is op het dashboard gecommuniceerd dat er een signaalwaarde zou komen voor het aantal besmettelijke personen. Op advies van de modelleurs van het RIVM wordt deze niet aan het dashboard toegevoegd. Dit omdat dit een inschatting is die niet puur op berekeningen berust maar ook op aannames, zoals over infectieuze periode.